La vida de Harry Potter era un asunto miserable, confinado en un armario bajo las escaleras en casa de sus terribles tíos, los Dursley. Durante diez años, no conoció más que su desdén, las intimidaciones de su monstruoso hijo Dudley y la ausencia total de cumpleaños y cualquier atisbo de afecto. Siempre ocurrían cosas extrañas a su alrededor, sucesos inexplicables que los Dursley negaban con vehemencia. Pero la víspera de su undécimo cumpleaños, llegó la primera de muchas cartas misteriosas, dirigida al «Sr. H. Potter, El Armario Bajo las Escaleras». Los Dursley, en un intento desesperado por evitar que Harry las leyera, huyeron, pero las cartas los siguieron, una marea imparable de tinta verde esmeralda.
Finalmente, un hombre corpulento de risa estruendosa y mirada bondadosa, Rubeus Hagrid, irrumpió en su remoto escondite, revelando la asombrosa verdad: Harry era un mago, y lo esperaban en el Colegio Hogwarts de Magia y Hechicería. Hagrid alejó a Harry del mundo mundano y antimágico de los Dursley, llevándolo al bullicioso y oculto callejón Diagon. Allí, Harry descubrió una bóveda rebosante de oro que le habían dejado sus padres, compró una magnífica lechuza a la que llamó Hedwig y, en un instante que le provocó un escalofrío, descubrió que su nueva varita era hermana de la que le había dado la cicatriz en forma de rayo: la varita del mago oscuro que asesinó a sus padres, Lord Voldemort.
El viaje a Hogwarts comenzó en el Andén Nueve y Tres Cuartos, donde Harry conoció a Ron Weasley, un chico bullicioso de una familia de magos numerosa y cálida, y a Hermione Granger, una chica brillante pero algo mandona con una sed insaciable de conocimiento. En el Expreso de Hogwarts, los tres forjaron una improbable amistad, unida por la admiración compartida y una pizca de inquietud. Al llegar, el antiguo Sombrero Seleccionador, tras un momento de intensa deliberación que casi envió a Harry a la infame casa de Slytherin, los declaró a todos Gryffindors, junto con el nervioso Neville Longbottom.
La vida en Hogwarts era un torbellino de magia. Harry aprendió a volar en escoba, convirtiéndose en el Buscador más joven en un siglo del equipo de Quidditch de Gryffindor tras una audaz demostración de habilidad aérea. Se adentró en Pociones con el despectivo profesor Snape, estudió Transformaciones con la severa profesora McGonagall y recorrió los laberínticos pasillos del antiguo castillo. Sin embargo, bajo la superficie de las lecciones de magia y la rivalidad amistosa, un misterio más oscuro comenzó a desenvolverse. Los rumores de un robo en Gringotts, el banco mágico, y el descubrimiento de un monstruoso perro de tres cabezas llamado Fluffy custodiando un pasillo prohibido en el tercer piso, insinuaban algo mucho más siniestro.
Harry, Ron y Hermione, impulsados por la curiosidad y una creciente inquietud, comenzaron a reconstruir pistas. Descubrieron la legendaria Piedra Filosofal, un artefacto mágico capaz de otorgar vida eterna y riquezas infinitas, y se dieron cuenta de que era lo que Fluffy protegía. Sus sospechas se dirigieron al profesor Snape, cuyo extraño comportamiento y aparente animosidad hacia Harry parecían indicar que él era quien intentaba robar la Piedra para Lord Voldemort.
Al acercarse el final del curso escolar, el trío se convenció de que la Piedra estaba en peligro inminente. Harry, tras haber recibido la Capa de Invisibilidad de su padre como regalo de Navidad anónimo, guió a sus amigos en un peligroso viaje por el corredor prohibido. Superaron una serie de traicioneras defensas mágicas: Fluffy, arrullado por la música; una trampa mortal de la Trampa del Diablo; una sala de llaves voladoras encantadas; una partida estratégica de ajedrez mágico a tamaño real donde Ron se sacrificó valientemente; y un acertijo de pociones.
Harry finalmente se enfrentó al verdadero culpable, no a Snape, sino al aparentemente tímido profesor Quirrell, quien sorprendentemente reveló que había estado poseído por Lord Voldemort todo el tiempo. Voldemort, un rostro parásito en la nuca de Quirrell, buscaba la Piedra Filosofal para recuperar todo su poder. Harry, protegido por la magia persistente del amor de su madre, que hacía que su toque fuera agonizante para Quirrell, logró derrotarlos. La forma espectral de Voldemort huyó, dejando a Quirrell perecer.
Recuperándose en la enfermería, Harry habló con el profesor Dumbledore, quien confirmó el poder protector del sacrificio de su madre y reveló que la Piedra Filosofal había sido destruida para evitar futuros intentos de usurpar su poder. Dumbledore explicó que Harry había podido recuperar la Piedra Filosofal del Espejo de Oesed porque deseaba encontrarla, no usarla. Cuando el año escolar llegaba a su fin, Gryffindor ganó la Copa de las Casas, un final triunfal para un año que había comenzado con Harry como un niño solitario y desconocido y terminó con él como un héroe, rodeado de verdaderos amigos y sabiendo que Hogwarts era, por fin, su verdadero hogar.