La vie d'Harry Potter était un véritable enfer, confiné dans un placard sous l'escalier de la maison de son odieux oncle et tante, les Dursley. Pendant dix ans, il n'avait connu que leur mépris, les brimades de leur monstrueux fils Dudley, et l'absence totale d'anniversaires ou de la moindre marque d'affection. Des choses étranges se produisaient sans cesse autour d'Harry, des événements inexplicables que les Dursley niaient avec véhémence. Mais à la veille de son onzième anniversaire, la première d'une longue série de lettres mystérieuses arriva, adressée à « Monsieur H. Potter, Le Placard sous l'Escalier ». Les Dursley, dans une tentative désespérée d'empêcher Harry de les lire, s'enfuirent, mais les lettres les suivirent, tel un flot irrésistible d'encre vert émeraude.
Finalement, un homme imposant au rire tonitruant et au regard bienveillant, Rubeus Hagrid, fit irruption dans leur refuge isolé, révélant l'étonnante vérité : Harry était un sorcier et il était attendu à Poudlard, l'école de sorcellerie. Hagrid arracha Harry au monde profane et hostile à la magie des Dursley et l'emmena dans la rue animée et cachée du Chemin de Traverse. Là, Harry découvrit un coffre-fort débordant d'or, légué par ses parents, acheta une magnifique chouette qu'il nomma Hedwige et, dans un instant qui lui donna des frissons, il découvrit que sa nouvelle baguette était la sœur de celle qui lui avait infligé sa cicatrice en forme d'éclair : la baguette du mage noir qui avait assassiné ses parents, Lord Voldemort.
Le voyage vers Poudlard commença sur le quai neuf trois-quarts, où Harry fit la connaissance de Ron Weasley, un garçon turbulent issu d'une grande et chaleureuse famille de sorciers, et d'Hermione Granger, une fille brillante mais un brin autoritaire, avide de connaissances. Dans le Poudlard Express, tous trois nouèrent une amitié improbable, unie par une même émerveillement et une pointe d'appréhension. À leur arrivée, le Choixpeau magique, après un moment d'intense délibération qui faillit envoyer Harry à Serpentard, les déclara tous Gryffondor, aux côtés du nerveux Neville Londubat.
La vie à Poudlard fut un tourbillon d'enchantement. Harry apprit à voler sur un balai, devenant le plus jeune attrapeur de l'équipe de Quidditch de Gryffondor depuis un siècle après une démonstration audacieuse de son talent aérien. Il se plongea dans les potions avec le professeur Rogue, connu pour son mépris, étudia la métamorphose avec la sévère professeure McGonagall et se fraya un chemin dans les couloirs labyrinthiques du vieux château. Pourtant, sous le vernis des cours de magie et de la rivalité amicale, un mystère plus sombre commençait à se dévoiler. Des rumeurs d'effraction à Gringotts, la banque des sorciers, et la découverte d'un monstrueux chien à trois têtes nommé Touffu gardant un couloir interdit au troisième étage, laissaient présager quelque chose de bien plus sinistre.
Harry, Ron et Hermione, poussés par la curiosité et un malaise grandissant, commencèrent à rassembler les indices. Ils apprirent l'existence de la légendaire Pierre philosophale, un artefact magique capable d'accorder la vie éternelle et une richesse infinie, et comprirent que c'était ce que Touffu protégeait. Leurs soupçons se portèrent sur le professeur Rogue, dont le comportement étrange et l'animosité manifeste envers Harry semblaient le désigner comme celui qui tentait de voler la Pierre pour Lord Voldemort.
À l'approche de la fin de l'année scolaire, le trio acquit la conviction que la Pierre était en danger imminent. Harry, ayant reçu la Cape d'invisibilité de son père comme cadeau de Noël anonyme, entraîna ses amis dans un périlleux voyage à travers le couloir interdit. Ils surmontèrent une série de pièges magiques redoutables : Touffu, endormi par une douce musique ; un piège mortel, le Piège du Diable ; une pièce remplie de clés volantes enchantées ; une partie d'échecs de sorcier grandeur nature, où Ron se sacrifia courageusement ; et une énigme de potions.
Harry se retrouva enfin face au véritable coupable, non pas Rogue, mais le professeur Quirrell, d'apparence si timide, qui révéla à la stupéfaction qu'il avait été possédé par Lord Voldemort depuis le début. Voldemort, dont le visage parasite s'était incrusté dans la nuque de Quirrell, cherchait la Pierre pour recouvrer toute sa puissance. Harry, protégé par la magie persistante de l'amour de sa mère, qui rendait son contact insupportable pour Quirrell, parvint à les vaincre. La forme spectrale de Voldemort s'enfuit, laissant Quirrell périr.
Pendant sa convalescence à l'infirmerie, Harry s'entretint avec le professeur Dumbledore, qui confirma le pouvoir protecteur du sacrifice de sa mère et révéla que la Pierre philosophale avait été détruite afin d'empêcher toute nouvelle tentative d'appropriation de son pouvoir. Dumbledore expliqua que Harry avait pu récupérer la Pierre dans le Miroir du Riséd car il souhaitait la trouver, et non l'utiliser. À l'approche de la fin de l'année scolaire, Gryffondor remporta la Coupe des Maisons, couronnant ainsi une année qui avait commencé alors que Harry était un garçon solitaire et inconnu, et qui s'achevait en héros, entouré de véritables amis, sachant que Poudlard était enfin sa véritable maison.
