La repentina tranquilidad del dormitorio contrastaba marcadamente con los incesantes terrores del Laberinto, pero una escalofriante inquietud se apoderaba del aire. Thomas, junto con Minho, Newt, Frypan y los demás Gladers supervivientes, se encontraron en lo que se presentó como un santuario, un lugar de curación y seguridad tras su terrible huida. Pero los pasillos estériles y la atenta mirada del señor Janson, el hombre a cargo, no lograron disipar las crecientes sospechas de Thomas. Se habían llevado a Teresa, su única acompañante femenina del Claro, y la habían reemplazado por un chico llamado Aris, que decía haber escapado de un laberinto similar, pero poblado por chicas. Thomas no tardó en descubrir los cuerpos de sus supuestos rescatadores colgados en una sombría exhibición, un escalofriante testimonio de que los juegos de WICKED estaban lejos de terminar.
Su breve tregua se hizo añicos cuando Janson, apodado «El Hombre Rata» por su apariencia, reveló la verdadera naturaleza de su difícil situación: la segunda fase, las pruebas de fuego. Les informó de que todos los Gladers eran portadores del virus Flare, una plaga que asolaba el cerebro y convertía a los humanos en «chiflados» agresivos y locos. Declaró que su única esperanza de curarse estaba ciento sesenta kilómetros al norte, cruzando el desierto desolado y abrasado por el sol conocido como Scorch, en un «refugio seguro». Fracasar significaba sucumbir ante el virus y convertirse en uno de los «desaparecidos». Sin otra opción, los Gladers atravesaron un túnel oscuro a través de un Flat Trans, un dispositivo de teletransporte, y entraron en un túnel oscuro donde los mecanismos metálicos cortantes se cobraron más vidas antes de arrojarlas al paisaje cegador y arruinado.
El Scorch supuso una brutal prueba de resistencia: una árida extensión de arena y ciudades en ruinas, donde el sol caía sin piedad y, sin previo aviso, estallaron tormentas eléctricas mortales que se cobraron más de su número cada vez menor. Siguieron adelante, luchando contra el agotamiento y la amenaza constante de la llamarada, hasta que se toparon con una instalación abandonada habitada por Cranks. Allí se encontraron con Jorge y Brenda, líderes de un grupo de supervivientes que, aunque infectados, aún no habían sucumbido a la locura total. Se produjo un tenso enfrentamiento, y la temeridad de Minho estuvo a punto de costarles la vida, pero Thomas logró forjar una débil alianza: Jorge y Brenda los guiarían por la ciudad hasta el Brazo Derecho, un grupo de resistencia, a cambio de la promesa de una cura.
Su viaje por la ciudad en ruinas estuvo plagado de peligros, que culminaron con una separación caótica durante un ataque de fuerzas perversas. Thomas se encontró solo con Brenda mientras navegaba por el traicionero «Underground», una red de oscuros túneles infestados de manivelas. Durante este tiempo, Brenda sufrió una mordedura que la infectó con la Flare, y Thomas experimentó flashbacks fragmentados, recuerdos de su pasado con WICKED y Teresa, que hacían alusión a una historia más profunda y complicada de lo que podía recordar. Empezó a ver carteles garabateados por todas partes que lo proclamaban «el líder», una carga que nunca había pedido.
Al reunirse con los Gladers, el mundo de Thomas se fracturó aún más debido a lo que parecía ser la mayor traición de Teresa. Ella y Aris, aparentemente bajo las órdenes de WICKED, capturaron a Thomas y lo sometieron a una terrible experiencia en una cámara de gas. Aunque más tarde afirmó que se trataba de un acto, de un engaño necesario para protegerlo de WICKED, la confianza entre ellos se rompió irrevocablemente. Las cicatrices emocionales de sus acciones fueron profundas, dejando a Thomas profundamente confundido y herido, cuestionando todo lo que creía saber sobre su vínculo.
Finalmente, los grupos combinados llegaron al supuesto «refugio seguro», solo para descubrir que se trataba de otro truco cruel. En lugar de encontrar una cura, se encontraron con una nueva oleada de criaturas monstruosas y bulbosas que emergieron del suelo, obligándolos a emprender otra lucha desesperada por sobrevivir. A medida que avanzaba la batalla, descendió un Berg, un vehículo volador, y apareció Vince, el líder del Brazo Derecho, que les ofrecía un verdadero santuario. Fue aquí donde Mary Cooper, una antigua científica de WICKED, reveló una verdad impactante: Thomas había sido informante del Brazo Derecho y trabajaba para desmantelar las operaciones de WICKED desde dentro.
Los Gladers y sus nuevos aliados fueron trasladados a un nuevo centro, donde se les prometió seguridad y atención médica. Sin embargo, aunque Thomas recibió tratamiento por sus heridas, la sensación de manipulación persistió. Los ensayos, al parecer, se diseñaron no solo para poner a prueba su inmunidad, sino también su propia voluntad, su capacidad para sobrevivir y tomar decisiones imposibles. El último y escalofriante mensaje de Teresa, susurrado telepáticamente en su mente, reflejaba la inquietante ambigüedad de toda su terrible experiencia: «Lo malo es bueno». El significado seguía siendo difícil de entender, una pregunta inquietante que dejó a Thomas, y a todos ellos, al borde de una fase aún mayor y más aterradora.
