Le calme soudain du dortoir contrastait nettement avec les terreurs incessantes du Labyrinthe, mais un malaise glacial régnait dans l'air. Thomas, Minho, Newt, Frypan et les autres Gladers survivants se sont retrouvés dans ce qui était présenté comme un sanctuaire, un lieu de guérison et de sécurité après leur terrible évasion. Mais les salles stériles et les yeux attentifs de M. Janson, le responsable, n'ont guère contribué à apaiser les soupçons croissants de Thomas. Teresa, leur seule compagne de la clairière, avait été emmenée et remplacée par un garçon nommé Aris, qui prétendait s'être échappé d'un labyrinthe similaire, mais peuplé de filles. Thomas a rapidement découvert les corps de leurs supposés sauveteurs accrochés à une exposition sinistre, un témoignage effrayant que les jeux de WICKED étaient loin d'être terminés.
Leur bref répit a été bouleversé lorsque Janson, surnommé « Rat Man » pour son apparence, a révélé la véritable nature de leur situation : la phase 2, les Scorch Trials. Il les a informés que tous les Gladers étaient porteurs du virus Flare, une épidémie qui ravageait le cerveau et transformait les humains en « Cranks » agressifs et fous. Leur seul espoir de guérison, a-t-il déclaré, se trouvait à une centaine de kilomètres au nord, à travers le désert désolé et brûlé par le soleil connu sous le nom de Scorch, dans un « refuge sûr ». L'échec signifiait succomber au virus et devenir l'un des « disparus ». N'ayant pas d'autre choix, les Gladers ont emprunté un Flat Trans, un appareil de téléportation, pour entrer dans un tunnel sombre où des mécanismes métalliques tranchants ont coûté la vie à d'autres personnes avant de les cracher dans un paysage aveuglant et en ruine.
Le Scorch a été une rude épreuve d'endurance, une étendue de sable aride et des villes en ruine où le soleil se couchait impitoyablement, et où des orages meurtriers ont éclaté sans avertissement, faisant de plus en plus de victimes parmi les populations en déclin. Ils ont continué, luttant contre l'épuisement et la menace constante du Flare, jusqu'à ce qu'ils tombent sur une installation abandonnée peuplée de Cranks. Ils y ont rencontré Jorge et Brenda, les chefs d'un groupe de survivants qui, bien que infectés, n'avaient pas encore succombé à la folie. Une impasse tendue s'en est suivie, l'audace de Minho ayant failli leur coûter cher, mais Thomas a réussi à forger une alliance ténue : Jorge et Brenda les guideraient à travers la ville jusqu'au Right Arm, un groupe de résistance, en échange de la promesse d'un remède.
Leur périple à travers la ville en ruines a été semé d'embûches et a abouti à une séparation chaotique lors d'une attaque des forces de WICKED. Thomas s'est retrouvé seul avec Brenda, à naviguer dans le dangereux « Underground », un réseau de tunnels sombres et infestés de Crank. Pendant ce temps, Brenda a été mordue et l'a infectée par le Flare, et Thomas a eu des flashbacks fragmentés, des souvenirs de son passé avec WICKED et Teresa, laissant entrevoir une histoire plus profonde et plus compliquée qu'il ne pouvait s'en souvenir. Il a commencé à voir des pancartes griffonnées partout, le proclamant « le leader », un fardeau qu'il n'a jamais demandé.
Réuni avec les Gladers, le monde de Thomas a été encore plus fracturé par ce qui semblait être l'ultime trahison de Teresa. Elle et Aris, apparemment sous le commandement de WICKED, ont capturé Thomas, le soumettant à une terrible épreuve dans une chambre à gaz. Bien qu'elle ait affirmé plus tard qu'il s'agissait d'un acte, d'une tromperie nécessaire pour le protéger de WICKED, la confiance entre eux a été irrévocablement brisée. Les séquelles émotionnelles de ses actes étaient profondes, laissant Thomas profondément confus et blessé, remettant en question tout ce qu'il pensait savoir sur leur lien.
Finalement, les groupes combinés ont atteint le prétendu « refuge sûr », pour découvrir qu'il s'agissait d'une autre astuce cruelle. Au lieu de trouver un remède, ils ont été confrontés à une nouvelle vague de créatures monstrueuses et bulbeuses émergeant du sol, les forçant à une nouvelle lutte désespérée pour leur survie. Alors que la bataille faisait rage, un Berg, un véhicule volant, est descendu et Vince, le chef du Bras droit, est apparu, offrant un véritable sanctuaire. C'est là que Mary Cooper, une ancienne scientifique de WICKED, a révélé une vérité choquante : Thomas avait été un informateur pour le Right Arm, travaillant à démanteler les opérations de WICKED de l'intérieur.
Les Gladers et leurs nouveaux alliés ont été emmenés dans de nouvelles installations, où on leur a promis sécurité et soins médicaux. Pourtant, alors même que Thomas était soigné pour ses blessures, le sentiment de manipulation persistait. Les essais, semble-t-il, visaient non seulement à tester leur immunité, mais aussi leur volonté même, leur capacité à survivre et à faire des choix impossibles. Le dernier message effrayant de Teresa, chuchoté par télépathie dans son esprit, faisait écho à l'ambiguïté troublante de toute leur épreuve : « WICKED est bon ». Le sens est resté insaisissable, une question obsédante qui a laissé Thomas, et tous les autres, au bord d'une phase encore plus grande et plus terrifiante.
